Harry Potter (Daniel Radcliffe) menyadari bahwa ancaman Lord Voldemort belum usai. Walaupun keadaannya cukup tenang dan aman namun Harry yakin bahwa musuh besarnya ini sedang merencanakan sesuatu. Harry bahkan yakin bahwa ada sesuatu yang sedang terjadi di dalam Hogwarts.
Bersama gurunya, Dumbledore (Michael Gambon) dan Professor Horace Slughorn (Jim Broadbent), Harry pun mempersiapkan diri untuk menghadapi pertarungan terakhir dengan Voldemort. Di saat yang sama, Harry menemukan sebuah buku ramuan sihir milik seseorang bernama Half-Blood Prince. Dari buku ini, Harry kemudian mempelajari banyak ramuan sihir yang berguna bahkan beberapa cenderung membahayakan.
Di sisi lain, Harry yang mulai menginjak dewasa terlibat cinta segitiga antara Ginny Weasley (Bonnie Wright) dan Dean Thomas (Alfie Enoch). Kini tantangan yang dihadapi Harry jadi jauh lebih berat. Di saat ia mulai merasakan beratnya masa peralihan menjadi dewasa, ia harus mempersiapkan diri menghadapi Voldemort yang berencana menguasai seluruh dunia.
Secara umum, bagian keenam dari film Harry Potter ini terasa lebih suram daripada lima film sebelumnya. Baik dari nuansa cerita maupun dari teknik pewarnaan terlihat bahwa David Yates, sang sutradara, ingin menonjolkan kesan suram ini. Hampir di sepanjang film, warna-warna suram mendominasi dan malahan ada beberapa bagian yang cenderung mengarah ke film hitam putih.
Film ini juga menandai peralihan antara kisah remaja yang mulai bergeser masuk alam dewasa. Hubungan antar karakter digambarkan makin kompleks dan tak lagi sederhana seperti sebelumnya. Namun pergeseran ini juga yang membuat film ini jadi makin membingungkan buat penonton yang tak pernah terlibat dengan cerita Harry Potter sebelumnya. Ditambah lagi dengan beberapa bagian yang berkesan mengambang tanpa penjelasan, lengkap sudah masalah yang dihadapi penonton baru ini.
Di sisi lain, buat mereka yang sudah akrab dengan Harry Potter, film ini juga menjadi titik balik di mana film tak lagi sepenuhnya berpijak pada novel sumber aslinya. Kekecewaan para fans berat Harry Potter tak bisa disalahkan karena ada bagian penting dari novel ini yang tak dituangkan ke layar lebar.
Dari seluruh aspek yang ada, bisa jadi suguhan visual adalah bagian paling menarik dari film ini. Kelebihannya bukan dari canggihnya special effect yang digunakan namun pada efektivitas dari efek yang mereka gunakan. Meski tak terlalu muluk-muluk namun kesan yang tertangkap justru adalah kewajaran dalam keajaiban yang terjadi itu.